După ce şi-au pierdut mama, Alphonse şi Edward Elric încearcă s-o reînvie apelând la interzisa ştiinţă a alchimiei. Cu toate astea, alchimia operează pe principiul schimbului echivalent şi orice încălcare a tabu-ului se pedepseşte. Ed îşi pierde piciorul iar Al trupul. Ed reuşeşte să prindă sufletul lui Al într-o armură, dar îşi pierde braţul. Ani mai târziu, Ed (acum cu două membre mecanizate) şi Al (aflat în armură) pleacă de acasă, fiecare preocupat de fericirea celuilalt. Ed, care are talent natural pentru alcihmie, devine rapid cunoscut drept "Fullmetal Alchemist." Obiectivul lor e să caute informaţii despre Piatra filosofală ce le-ar permite să-şi recupereze trupurile. Toată speranţa lor se leagă de mitica piatră care s-ar putea ca nici măcar să nu existe. Cu toate astea, curând, fraţii află că nu sunt singurii porniţi în această căutare...